嘉兴科技城定位六大功能:应用性研发和高技术成果转化，科技创业和孵化，高技术产业示范和知识产业培育，教育培训，技术转移，现代生活新居和生态文明新城。嘉兴科技城按照"高起点规划、高品位建设、高水平集聚"的原则，一期核心功能区规划面积3.65平方公里，以技术研发、科技孵化、产业示范、教育培训、科技商贸、生活服务为主，目标建成为区域技术、信息、人才最为集中的核心高地。二期规划拓展至10.66平方公里，围绕科技企业孵化、高技术产业化和教育培训，布局科技成果转化基地和产业示范基地。

一期核心功能区逐步形成以清华、中科院为龙头，软件园、通讯园、芯片园、材料园、生物园、孵化园蓬勃发展的"双核六园"格局。入驻各类机构过百家，引进博士、硕士250多名，海外留学归国人员近百人。自身技工贸总收入自2006年2600万元至2008年17亿元，两年增长逾60倍。

根据"五年成势、八年成型、十年成城"的中长期规划，到2015年，以嘉兴科技城为核心的嘉兴市南湖区计划实现产值800亿元，并以此带动全省相关产业产值2000亿元以上，真正成为嘉兴市打造省区域创新体系副中心的主平台和核心区。